La Sezione Musiche provvede alla conservazione e alla gestione delle decine di migliaia di pezzi musicali manoscritti e a stampa (partiture, spartiti, libretti per musica, ecc.) conservati in Biblioteca. Afferiscono alla Sezione tutti i materiali bibliografici, inerenti la materia, reperibili dai cataloghi generali.
Enciclopedie, storie della musica e repertori, già nel Salone Furietti, si trovano provvisoriamente nei depositi della Biblioteca.
Nella Sezione Periodici si trovano, invece, alcune riviste d'argomento musicale.
Dal 1874, per iniziativa dell'allora direttore Antonio Alessandri, si costituì il primo nucleo della Sezione Musiche; l'attuale struttura della Sezione è stata ufficialmente costituita nell'aprile 1993 con la nomina di un bibliotecario fondi musicali.

Responsabile della Sezione è Marcello Eynard.

La Sezione cura il catalogo generale delle musiche e l'incremento del patrimonio, offre consulenza specialistica per ricercatori, studiosi e studenti in tesi di laurea, assiste nella ricerca catalografica e bibliografica (anche a distanza), promuove iniziative culturali (mostre, conferenze, pubblicazioni, concerti, ecc.).

I pezzi musicali possono essere consultati nella sala fondi antichi appositamente allestita a piano terra a causa della chiusura del Salone Furietti e riprodotti tramite microfilm o fotocopie in ottemperanza alle norme che regolano la consultazione dei fondi antichi e archivistici della Biblioteca. I pezzi musicali (partiture, spartiti ecc.) sono esclusi dal prestito ai sensi del Decreto legislativo n. 685 del 16 novembre 1994, art. 5.
I pezzi musicali conservati presso la Biblioteca Donizetti potranno essere consultati presso la sede della stessa biblioteca negli orari di apertura che essa osserva.