Il Catalogo generale dei manoscritti su schede, ubicato nel Salone Furietti, fu introdotto negli anni settanta dell'Ottocento, in sostituzione dell'originario Catalogo su volume di grande formato, avviato intorno al 1840 da Bartolomeo Secco Suardo, oggi consultabile in formato digitale facendone richiesta all'assistente di sala.

Il Catalogo generale dei manoscritti su schede descrive materiali molto eterogenei: dai codici medievali ai carteggi, da documenti d'archivio estrapolati dalle serie d'appartenenza a partiture musicali manoscritte, da singole pergamene a raccolte unitarie di documenti. Diversi sono stati nel corso del tempo i criteri di catalogazione: si va da schede molto dettagliate nella descrizione a segnalazioni sommarie, da semplici rinvii a schede di soggetto. Ne consegue che la ricerca nel Catalogo è spesso difficile ed è indispensabile molte volte l'aiuto dell'assistente di sala.

A partire dal 2009 è stata avviata l'inventariazione e la ricatalogazione dei manoscritti tramite il progetto ManusOnLine dell'Istituto Centrale per il Catalogo Unico, a cura della dott.ssa Marta Gamba. La ricatalogazione è partita dai volumi con la collocazione MA (Manoscritti Antichi) e procede sia con il recupero dei dati forniti dai cataloghi e repertori cartacei esistenti, sia con lo studio diretto degli esemplari originali.

Sono da segnalare, a chi fosse interessato a una particolare categoria di manoscritti, i cataloghi speciali (cassaforte, statuti, autografi) e i cataloghi tematici, approntati dalla Biblioteca o da altri istituti nell'ambito di programmi di censimento di manoscritti relativi a particolari materie o a determinate epoche. Tra i cataloghi tematici serve ricordare soprattutto quello dei manoscritti umanistici, opera di Paul Oskar Kristeller, che descrive in forma breve gran parte dei manoscritti librari della Biblioteca Mai.

Oltre al Catalogo generale, ai cataloghi speciali e tematici, è pure utile consultare i cataloghi topografici (si richiedono all'assistente di sala), quei cataloghi nei quali i manoscritti sono elencati secondo l'ordine di collocazione sugli scaffali di deposito:

• Segnature con lettere greche (Alpha, Gamma, Delta, Lambda, Sigma, Psi, Phi): le segnature con lettere greche sono state sostituite negli anni settanta del Novecento con segnature in lettere latine: A, AB (in prevalenza manoscritti documentari antichi di provenienza bergamasca), MA, MAB, MM (in prevalenza manoscritti librari: antichi, antichi bergamaschi, moderni), MMB (in prevalenza manoscritti moderni di provenienza bergamasca, documentari e carteggi). Tavola di ragguaglio.



• Salone Cassapanco Primo: volumetto dattiloscritto di Luigi Chiodi (Ms 4/3). Sotto questa segnatura è collocata la raccolta di manoscritti, per lo più documentari, donata nel 1868 dal conte Paolo Vimercati Sozzi.



• R(etrogabinetto): volumetto dattiloscritto di Luigi Chiodi (Ms 4/2). In prevalenza manoscritti documentari e carteggi provenienti dall'acquisto dei libri di Giuseppe Ravelli (1896).



• Sala Prima D: volumetto dattiloscritto di Luigi Chiodi (Ms 4/1). Sotto questa segnatura sono collocati gran parte degli statuti medievali di comuni e di corporazioni, e pochi altri manoscritti moderni.



• Specola Ms, Epist, Doc: registro topografico n.79. Sotto questa segnatura sono collocati manoscritti moderni (Ms), carteggi (Epist), documenti (Doc).