Sono raccolte in questa sezione le carte precedenti all'inizio dell'attività di pubblicazione nel 1869, identificate principalmente dalla scrittura tondeggiante (cfr. scheda Fondo Archivistico) e spesso anche dal formato delle carte, più grandi di quelle successive. All'inizio del lavoro di riordino, le unità relative si presentavano quasi tutte raccolte in un pacco ancora legato dalle caratteristiche omogenee, indicativo probabilmente di una archiviazione selettiva di queste carte da parte dello stesso Mazzi: una scelta legata probabilmente ai loro contenuti particolari.
Le carte espressamente datate sono molto poche, e si collocano tra il 1858 e il 1864; per la maggior parte rimane quindi solo il dato della datazione paleografica, che le colloca comunque negli anni Sessanta dell'Ottocento; si è ritenuto pertanto superflua l'indicazione cronologica con anno conclusivo di un decennio utilizzata per il resto dell'archivio, poichè comunque ininfluente sull'ordinamento delle unità; va precisato però che il programma adottato colloca queste unità non datate, che sono la maggioranza, prima di quelle datate.
Il periodo coperto è quello degli studi universitari e degli anni immediatamente successivi, e la tipologia dei documenti presenti comprende brevi note che hanno il carattere di veri e propri appunti da lezione (presi spesso su fogli di carta azzurra leggera); quelli definiti come "appunti di studio", cioè testi più ordinati, su fogli di grande formato, che paiono frutto della rielaborazione (quando non vere e proprie traduzioni) di opere oggetto di studio o degli appunti di lezione; e vere e proprie tesine, elaborazioni originali di testi, tra cui una datata 16 ottobre 1858.
All'interno di questa sezione si sono individuate cinque serie in rapporto ai contenuti:

1. Storia medioevale e paleografia: prevalgono gli appunti di studio di paleografia e diplomatica, preparatori alla capacità di lettore dei documenti che il Mazzi dimostrerà durante tutta la sua carriera.

2. Storia antica: è la serie più consistente e composta di appunti di studio su vari argomenti di storia antica, spesso con stralci da opere di autori classici e commenti relativi; numerosi gli appunti sulle popolazioni italiche, oggetto di studio soprattutto nelle unità della serie 4.

3. Storia di Bergamo romana: comprende tre sole unità, distinte perchè specificamente riguardanti Bergamo, tra cui due tesine o primi tentativi di elaborazione di saggi sulle istituzioni della città antica; anche alcune tra le prime pubblicazioni ebbero per oggetto l'età antica nel Bergamasco.

4. Lingue antiche: comprende soprattutto da appunti di studio sulle lingue preromane, e con alcuni interessi al sanscrito, nati probabilmente nell'ambito del formarsi della concezione accademica del comune ceppo indoeuropeo di origine di molte lingue antiche; vi è anche un'unità 291 costituita da un esercizio di traduzione di un passo dell'Iliade, che potrebbe risalire anche al periodo degli studi liceali.

5. Varia: comprende appunti dei più diversi argomenti, tra cui anche scienze naturali, e veri e propri riassunti sistematici di libri di testo, anche non autografi; vi sono inoltre due unità (313 e 314) preparatorie ad una lettera polemica in occasione della visita pastorale del vescovo Pier Luigi Speranza, nel 1861.