La Biblioteca ospita associazioni e centri studi che hanno come finalità la valorizzazione del patrimonio librario e documentario, la promozione della ricerca e la divulgazione delle conoscenze.

• Centro studi Tassiani
• Archivio Bergamasco
• Osservatorio Quarenghi
• Associazione Amici della Biblioteca Civica "Angelo Mai"
• Gruppo volontari della Biblioteca
• IAML-Italia