Al tempo dell'Interdetto fu decisivo il ruolo dei religiosi, sia monastici che conventuali, sia a favore di Venezia che contro, e sia come predicatori e confessori sia abbandonando i conventi per non disobbedire al Papa; molto vari anche i loro comportamenti all'interno dello stesso ordine. Di questa varietà è testimonianza nelle biblioteche di quasi tutti gli Ordini bergamaschi, i cui inventari sono stati trascritti da Ermenegildo Camozzi e costituiranno un prezioso termine di paragone con quelli di maestri (Mauri e Manili) e canonici (Marco Moroni), in un quadro della cultura bergamasca a fine '500 in corso di elaborazione. Il testo che segue, inedito, è stato illustrato dall'Autore nella comunicazione Libri di religione e politica nel mondo del 'Cavaliere in rosa' (17-3-2005) presso il Museo storico di Bergamo.

Per lo studio delle librerie monastiche e conventuali disponiamo di un documento di eccezionale valore: l'indagine sulle biblioteche degli ordini regolari promossa tra 1598 e 1603 dalla Congregazione dell'Indice e in particolare dal card. Agostino Valier, già vescovo di Verona e amico di Carlo Borromeo e i cui libri si trovano frequentemente nelle biblioteche religiose bergamasche.
Probabilmente l'intento di questo vastissimo censimento bibliografico era di verificare lo stadio di realizzazione di una complessa operazione di revisione e ricostruzione della fisionomia intellettuale dei vari ordini religiosi sulla base delle direttive tridentine.
Per Bergamo sono disponibili gli inventari delle librerie di otto ordini monastici e conventuali: Francescani Osservanti Riformati, Servi di Maria, Somaschi, Canonici Regolari Lateranensi, Carmelitani Osservanti di Mantova, Agostiniani, Benedettini della Congregazione di S. Giustina, Benedettini della Congregazione di Vallombrosa. Il totale supera le 5000 unità librarie, escluse le biblioteche comuni di Agostiniani e Francescani Conventuali; di questi ultimi è rimasto solo l'elenco dei libri proibiti. Anche i benedettini della congregazione di S. Giustina di Padova inviarono solo una lista di libri proibiti. Domenicani e Gesuiti invece non parteciparono a tale censimento bibliografico.

Francescani Osservanti Riformati (convento di S. Maria alle Grazie)
Tra quelli bergamaschi è l'ordine religioso che dal punto di vista librario appare più allineato alla dottrina della Controriforma. Ne è prova l'assoluta preminenza di testi teologico-filosofici in tutti e quattro i conventi con autori appartenenti o all'ortodossia controriformata, o alla più consolidata tradizione spirituale francescana, il predominio dal punto di vista filosofico della Scolastica, la chiusura quasi totale nei confronti della cultura umanistica e rinascimentale (limitatissimi i classici greco-latini) e la presenza insignificante della letteratura contemporanea profana, caratteristiche peculiari anche all'interno biblioteche Cappuccine italiane.
Biblioteche chiuse nell'orizzonte del chiostro nelle quali la realtà contemporanea filtra solamente alla luce esclusiva della teologia scolastica, della pietà controriformata e dell'inquadramento normativo del diritto canonico. Si evidenzia il peso rilevante all'interno della letteratura religiosa dei manuali per la confessione e l'esame dei casi di coscienza (casistica) in questa e quasi tutte le altre biblioteche regolari, che si inquadra nell'ampio e ambizioso progetto tridentino di ripristinare il valore del sacramento della penitenza, intensificandone la pratica e mettendolo al servizio di una riconquista spirituale della società europea.

Servi di Maria
La libreria comune del convento di S. Gottardo è una piccola biblioteca di base teologico-filosofica con prevalenza di opere stampate nella seconda metà del XV secolo e agli inizi del XVI secolo, che non sembra essere aggiornata da lungo tempo. L'aggiornamento teologico e in alcuni casi anche storico-letterario va invece ricercato nelle librerie personali, ove appaiono maggiori aperture al mondo esterno come evidenziano le registrazioni del Cortegiano, dell'Orlando Furioso, delle opere del Petrarca, del botanico Mattioli, del Boccaccio (ma non Il Decamerone disponibile ormai solo nelle due differenti versioni espurgate del 1573 e del 1582), di Cicerone e delle Relazioni Universali di Giovanni Botero, opera di geografia umana e politica frequente in queste librerie ecclesiastiche. Resta però prevalente il profilo liturgico-ecclesiastico, che porta a definire tali raccolte come biblioteche di servizio e già in gran parte allineate ai dettami tridentini.

Chierici Regolari di Somasca – Orfanotrofio di S. Martino
Biblioteca di recente formazione con consistente penetrazione della letteratura pastorale tridentina e degli autori più famosi della pietà controriformata (Morigia, Guevara, Granata, Scupoli, Pittorio, Verrucchino, Loarte, Azpilcueta …), anche se sopravvive un certo filone, seppur minoritario, di spiritualità tardo-medievale (Cavalca, Gerson, Savonarola, Cherubino da Spoleto).

Canonici Regolari della Congregazione del SS.mo Salvatore Lateranense (S. Spirito)
Raccolta libraria più numerosa, dalla morfologia complessa, strutturata su molteplici filoni culturali e religiosi, che reca tracce consistenti di precedenti interventi censori (i nomi di editori e curatori riformati sono stati cancellati) e che si dimostra la più aperta al mondo esterno e agli influssi rinascimentali; l'insieme dei testi religiosi, a differenza delle altre librerie, non arriva al 40% del totale e testimonia, almeno per il passato, una autonomia di ricerca intellettuale considerevole.
Vi si trovano scrittori del '400-'500, circa 90 ed. di classici greco-latini, opere grammaticali e di linguistica, di storia, geografia, politica e filosofia, oltre a testi di scienze naturali. È anche biblioteca di conservazione, oltre che di studio, perché un quarto delle opere sono manoscritti o incunaboli, come le molte opere di s. Tommaso. Qui convivono indirizzi culturali molteplici e non sempre omogenei o allineati al programma della Controriforma, cosicchè a fianco del tomismo e di Aristotele e suoi commentatori, fanno ancora bella vista opere del filone platonizzante ed ermetico, i cui influssi a Bergamo si intravvedono anche presso ecclesiastici secolari come Marco Moroni e Michele Manili.
Anche nell'ambito religioso, maggioritario, seppur non egemonizzante, coesistono e si sovrappongono segmenti diversi; in taluni di questi il peso delle nuove correnti post-tridentine non sembra essere molto accentuato, se teniamo conto che nella manualistica dei casi di coscienza e della confessione troviamo tante opere del XV secolo (s. Antonino, Angelo Clavasio), quante quelle degli autori recenti più in voga come Martin Azpilcueta, Louis de Grenada, Melchior Cano.
La tradizione di quest'ordine, visibile anche nella diffusa presenza di propri autori (i bergamaschi Valeriano Olmo e Basilio Zanchi, Cesare Calderari, Gabriele Pascoli, Gabriele Fiamma, Onofrio Zarrabini, Ascanio Martinengo, Celso Maffei, Gabriele Inchino, Pietro da Lucca, quasi tutti particolarmente attivi nel settore esegetico e spirituale), sembra mantenere, almeno a livello librario, una sua preminenza rispetto ai best sellers della Controriforma. Nell'insieme la sezione religiosa ci indica la predilezione da parte dei canonici per lo studio approfondito delle Sacre Scritture nei suoi molteplici aspetti teologici ed esegetici.
Inoltre compaiono, in varie librerie personali, testi di storia contemporanea: Campana, Botero, Vendome, Corio, Fabio Benvoglienti, e sezioni fortemente interessate alle questioni letterarie contemporanee e al dibattito linguistico.

Congregazione dei Carmelitani Osservanti di Mantova (Bergamo, s. Maria del Carmine)
Libreria comune dalla composizione eterogenea e ridotta con quasi metà delle stampe del XV s. che denota scarso aggiornamento, che invece si ritrova nelle librerie personali. E' l'ordine che detiene il maggior numero di stampe bergamasche (generalmente molto ridotte negli altri ordini), il che si spiega con la relazione tra il priore Alessio Bergomelli autore de Le lagrime del peccatore nei sette Salmi (Bergamo, 1597) e il suo editore Comino Ventura. Quella del priore è una libreria di recente formazione e abbastanza ampia, dal profilo teologico-esegetico di stampo tridentino, con interessanti testimonianze di scrittori bergamaschi (Ercole Tasso, Giovan Battista Terzi, G.Andrea Viscardi pubblicati dal Ventura) e qualche opera all'Indice (De magia naturalis del Della Porta).

Benedettini della Congregazione Vallombrosana (monastero di Astino)
Biblioteca per la formazione dei monaci con settori di base di tipo filosofico (in maggioranza aristotelico, tomistico, ma anche con nutrita presenza dell'averroismo), di tipo grammaticale e classico-letterario (specie autori latini) e infine ovviamente di tipo teologico.
Limitato spazio per la letteratura volgare (Dante, Petrarca, Sannazzaro, Della Casa, Doni, Tasso, Guazzo) e debole presenza delle scuole teologiche cinquecentesche di Lovanio e Salamanca e più in generale degli autori gesuiti, così come appare anche nel resto delle altre biblioteche. Lo spirito controriformato si percepisce nell'acquisizione di canoni tridentini, dei catechismi, dei maestri della predicazione cinquecentesca, nelle Summe di casistica vecchie e nuove, ma il tutto si innesta su un robusto tronco culturale e religioso di tipo tradizionale.