(secc. XV-XX)

La Biblioteca conserva l'archivio storico del Comune di Bergamo.
L'archivio storico del Comune è articolato in 3 sezioni: di Antico Regime, Ottocento, Post-Unitaria. La sezione di Antico Regime è depositata in Biblioteca dal 1908; quella dell'Ottocento dal 1975 e quella Novecento dall'aprile 1994. L'inventariazione e la valorizzazione fanno capo all'apposita sezione archivi, istituita nel 1976.
L'archivio storico del Comune ha patito manomissioni e perdite, tra le quali due dovute ad altrettanti incendi (uno agli inizi del Cinquecento, l'altro nel 1891) che hanno distrutto parte della documentazione, in particolare quella del Quattrocento (ma sono stati risparmiati, fortunatamente, gli statuti e le deliberazioni dei consigli).

Carteggi Archivio storico del Comune di Bergamo
Nella sezione di Antico Regime la serie "Corrispondenza comunale" si articola in 3 sottoserie: Copialettere (1729-1800), 10 registri; Consigli di Venezia (1733-1796), 5 filze; Lettere del nunzio e degli oratori di Bergamo in Venezia (1494-1797), 61 filze.
Nella sezione Ottocento sono raccolte una trentina di lettere di diversi, scritte nel periodo 1847-1850 (Faldone 157) e una cinquantina di lettere di diversi, scritte nel periodo 1818-1866 (Faldone 158).

All'interno dell'archivio dei Rettori, serie Lettere troviamo 838 filze e 10 registri (1512-1796) che, fino al 1989, erano state erroneamente ricondotte all'archivio storico del Comune - Sezione di Antico Regime.