La serie comprende unità confezionate dal Mazzi in maniera più o meno formalizzata, oltre a poche unità costituite dalla suddivisione per temi delle carte sciolte (cfr. scheda Fondo Archivistico). Il contenuto dei fascicoli è generalmente legato ad una pubblicazione, o a più pubblicazioni sullo stesso argomento, o a studi rimasti inediti, e comprende soprattutto appunti di vario tipo, spesso anche su pezzi di carta di piccole dimensioni, e abbozzi di testi, corredati o meno di note documentarie e bibliografiche, a seconda del grado di elaborazione del testo stesso; in qualche caso nella descrizione di tali pezzi si è usato la definizione "redazione semidefinitiva", per indicare una stesura del testo formalmente (ad es. nel trattamento delle note) e graficamente più attenta, probabilmente funzionale alla consegna alla tipografia.
Le unità di questa sottosezione sono state suddivise in undici serie in ragione dei contenuti, corrispondenti ai principali ambi in cui si è svolta l'attività di ricerca e pubblicazione del Mazzi:

1. Storia di Bergamo nel Medioevo: raggruppa studi riferentesi specificamente alla città, ai suoi rapporti col contado e con i poteri esterni; prevalgono argomenti di storia istituzionale e studi sulla società in età comunale e viscontea.
2. Storia del Bergamasco nel Medioevo: raggruppa studi relativi a tutto il territorio o a singole realtà locali (ove non prevalga l'aspetto topografico, per cui vi è la serie 4) o personali; anche in questo caso prevalgono studi sull'età comunale e viscontea.
3. Storia di Bergamo in età veneta: comprende soprattutto studi sul XV secolo, in particolare saggi e recensioni su Bartolomeo Colleoni ed altri che prendono spunto dalla cartografia del territorio bergamasco contenuta in schizzi di Leonardo da Vinci.
4. Corografia del Bergamasco: intesa come studi per l'identificazione nella topografia contemporanea dei toponimi attestati nei documenti medioevali: fu uno degli ambiti di ricerca più coltivati dal Mazzi, e gli appunti relativi sono spesso corredati da schizzi topografici autografi.
5. Topografia urbana: studi dedicati all'identificazione dei toponimi urbani, delle circoscrizioni cittadine (vicinie e borghi) e degli edifici pubblici cittadini, con un particolare filone dedicato al Palazzo del Comune e tutte le sue strutture; anche in questo caso sono frequenti schizzi topografici autografi.
6. Metrologia storica: è l'ambito in cui il Mazzi venne maggiormente conosciuto anche al di fuori dell'ambito locale, e i cui risultati restano spesso ancor oggi gli unici punti di riferimento per la ricerca; si tratta di studi volti a determinare l'esatto valore delle unità di misura, sia di lunghezza e superficie, sia di capacità, usate per la quantificazione delle derrate, con il rapporto tra le misure medioevali e quelle attuali; varia la produzione soprattutto sulle misure di capacità, diverse a seconda del tipo di prodotto e soggette a variazioni anche in ambiti geografici circoscritti, sì che era necessaria la conservazione presso le comunità di misure ufficiali; il lavoro del Mazzi è volto anche ad individuare le unità di riferimento originarie ormai cadute in disuso e i meccanismi delle variazioni.
7. Storia della moneta: ambito di studio affine a quello della metrologia storica, perchè spesso l'identificazione delle unità monetarie e dei rapporti tra queste (in ambito locale e non) passa attraverso la verifica dei pesi delle quote di metallo utilizzato per la coniazione; numerosi appunti e conteggi apparentemente disordinati, e che oggi appaiono di difficile lettura, oltre a testi ancora inediti.
8. Storia della cultura bergamasca: si sono incluse in questa serie le unità relative a studi su personaggi della vita culturale bergamasca a partire dal tardo Medioevo fino a tutto il periodo veneto, oltre che sulle loro opere, e studi (spesso brevi note) su codici, volumi antichi, opere d'arte e artisti; tra i filoni più documentati sono quelli riguardanti il beato Venturino da Bergamo, predicatore domenicano del Trecento (oggetto di un opuscolo del 1905), e G.Michele Alberto Carrara, compositore di poemi del Quattrocento (oggetto di due opere, del 1901 e del 1916), riguardo al quale si trovano frequenti appunti o stralci anche nella serie 10.Miscellanea e nei Quaderni della Sottosezione 2.
9. Famiglie bergamasche: si tratta soprattutto di appunti ricavati da documentazione di vario genere, spesso da compilatori settecenteschi quali Giuseppe Ercole Mozzi e Mario Lupi; riguardano famiglie di vario rango, dai secoli centrali del Medioevo alla piena Età Moderna, e in alcuni casi si tratta forse di appunti preparatori a comunicazioni richieste da terzi.
10. Miscellanea: raccoglie una trentina di unità dal contenuto eterogeneo, talvolta intitolati dal Mazzi stesso come "Miscellanea", e comprendenti sia brevi testi più o meno elaborati che appunti tratti da vari documenti; i fascicoli composti solo da quest'ultimi sono più numerosi negli ultimi anni di vita dello studioso, segno probabile di una difficoltà a realizzare progetti di approfondimenti per i quali il contatto coi documenti offriva sempre nuovi stimoli.
11. Varia: comprende unità dagli argomenti più diversi, tra cui anche alcuni relativi a recensioni o brevi note pubblicate, e che non possono rientrare nelle serie precedenti.